Urodził się 14 marca 1910 r. w Krakowie, gdzie spędził dzieciństwo i młodość: uczęszczał do Szkoły Podstawowej im. Jana Kochanowskiego i do Gimnazjum im. Jana III Sobieskiego, egzamin maturalny zdał w 1930 r. W latach 1930–1935 studiował na Wydziale Biologii oraz równolegle na Wydziale Geologii Uniwersytetu Jagiellońskiego. Przez dwa lata uczył się również na Wydziale Malarstwa w Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie. Równie bogata była jego kariera zawodowa. Zaraz po studiach był asystentem w Zakładzie Anatomii i Cytologii Roślin UJ, w okresie okupacji znalazł zatrudnienie w Instytucie Geologii. W latach 1945–1947 był adiunktem w Instytucie Badawczym Leśnictwa w Krakowie, a potem w Warszawie. W latach 1949–1951 pełnił funkcję dyrektora Centrali Zielarskiej (późniejszy „Herbapol”), a następnie piastował kierownicze stanowisko w Instytucie Przemysłu Drzewnego i Rzemiosła w Warszawie. Na przełomie lat 50. i 60. pracował naukowo w Muzeum Ziemi PAN w Warszawie, a potem jako wykładowca i konserwator na Wydziale Rzeźby i Konserwacji Zabytków w warszawskiej Akademii Sztuk Pięknych (z ASP związany był do połowy lat 70.). W 1968 r. obronił pracę doktorską z zakresu nauk biologicznych i nauk o Ziemi na Uniwersytecie Warszawskim.

W latach 1975–1982 kierował Pracownią Konserwacji Kamienia w Muzeum Narodowym w Warszawie, u prof. Kazimierza Michałowskiego. Wymyślił i opracował unikalną metodę konserwacji obiektów zabytkowych metodą krzemionkową. Prof. Michałowski powierzył mu konserwację obiektów znalezionych m.in. podczas wykopalisk w Faras. W Podkowie Leśnej Zdzisław Bąkowski zamieszkał w końcu lat 60., początkowo na plebanii, a później przy ulicy Topolowej 20.

„Podkowa Leśna w okresie projektowania kościoła była niewielkim osiedlem […]. Inaczej sprawa przedstawiała się w okresach ciepłych. Napływowa ludność, jak również przyjezdni w święta przewyższali kilkakrotnie liczbę stałych mieszkańców Dla tych ludzi należało przewidzieć pomieszczenia przed kościołem, pod gołym niebem. W założeniu projektowym planowano więc zbudowanie w mieście ogrodzie kościoła ogrodu […], należało ukształtować frontową ścianę tak, żeby można było w pogodne dni rozszerzać kościół o przestrzeń przykościelną, umożliwiając znajdującym się przed kościołem bezpośrednie uczestnictwo w nabożeństwie” – wspominał narodziny idei kościoła ogrodu Tadeusz Baniewicz, w latach 30. XX wieku przewodniczący Komitetu Budowy Kościoła.

Wówczas projekt kościoła architekta Bruno Zborowskiego uzupełniony został planem nasadzeń na przykościelnym terenie autorstwa znanego inżyniera ogrodnika Zygmunta Hellwiga. Wykonania tego zadania podjął się w czerwcu 1935 r. Władysław Milewski, mieszkający nieopodal, przy ul. Akacjowej. Wzdłuż ulicy Modrzewiowej posadzono szpaler 18 topoli, na kwiatowych rabatach wyrosło 2500 roślin, w tym kilka odmian róż, bylin wkopano ok. 360, a 500 krzewów wykorzystano na żywopłot.