Stefan Bonikowski pochodził z Żyrardowa, urodził się w 1893 r. i od wczesnych lat pracował w zakładach włókienniczych, a później został współwłaścicielem sklepu w tym mieście. Wielką wojnę przeżył, walcząc w armii rosyjskiej, po 1918 r. służył w Warszawskiej Straży Pożarnej.
Z Podkową związał się w 1928 r., wtedy kupił działkę przy Brwinowskiej 4 i wybudował dom, nazwany „Bonikówką”. Mieszkał tu od 1934 r., a od 1938 już z żoną Anną (ur. 1894), i prowadził sklep wielobranżowy. Zainicjował powstanie w Podkowie Leśnej Ochotniczej Straży Pożarnej i był jej pierwszym komendantem. Uczestniczył w wielu akcjach, także w gaszeniu pożaru Zamku Królewskiego we wrześniu 1939 r.
Pierwsze oddziały niemieckie pojawiły się w Podkowie 9 i 10 września, i zajmowały wille opuszczone przez właścicieli. Przy ulicy Lotniczej 6 powstał posterunek granatowej policji. Już w listopadzie 1939 r. zaczęły powstawać struktury organizacyjne podziemia wojskowego, podporządkowane ZOR (Związek Obrony Rzeczypospolitej).
W styczniu 1944 r. aresztowano kilku członków „Brzezinek” z terenu Książenic, w związku z tym Bonikowski, Grefkowicz i parę innych osób musiało się ukrywać.
Po wybuchu Powstania Warszawskiego w Podkowie znaleźli schronienie liczni warszawiacy. W niewielkim domku Bonikowskich mieszkało 20 osób. W dodatku odbywały się odprawy komendy obwodu AK „Bażant”, a wielu oficerów korzystało na miejscu z noclegu. „Swoistą zewnętrzną ilustracją odpraw było zawsze kilkanaście rowerów pod sklepem. Ochronę stanowili zazwyczaj Stefan Bonikowski, Eugeniusz Stefankiewicz i Jan Kosiorek” – pisał Michał Domański.
Po zakończeniu działań wojennych Bonikowski, opierając się na dawnej sekcji strażackiej, zorganizował miejscową placówkę Milicji Obywatelskiej i przez trzy dni był jej komendantem. Powołany do pracy w Komendzie Warszawskiej Straży Pożarnej, pracował tam do przejścia na emeryturę w 1971 r.
Sklep w „Bonikówce” nadal istniał po wojnie, a Bonikowski udzielał się społecznie, m.in. należał do komisji, która z ramienia władz miasta sprawdzała stan oświetlenia i warunki mieszkaniowe podkowian. Pod koniec życia wrócił do swego ulubionego zajęcia – pszczelarstwa. Zmarł w Milanówku w 1981 r.