Pochodził z okolic Zwolenia (gubernia radomska), z rodziny zajmującej się piekarnictwem. Kontynuował tradycję rodzinną. Urodził się 13 kwietnia 1894 r. w Niemieryczowie. Był synem Franciszki i Ignacego Bębeńców. Miał ośmioro rodzeństwa. Po ukończeniu szkoły podstawowej został oddany do tzw. terminu u piekarza. Zdał egzaminy i otrzymawszy uprawnienia do prowadzenia piekarni, sam zaczął zatrudniać uczniów. Miał piekarnię i młyn w Zwoleniu, potem w Radomiu. Ożenił się z Marianną Dąbrowską, pochodzącą z okolic Zwolenia, i razem gospodarowali. Mieli dwoje dzieci: Stefana (ur. 1920) i Janinę (ur. 1921).
Przed II wojną światową Stanisław i Marianna Bębeńcowie sprowadzili się do Nowej Wsi Milanowskiej (obecnie część Milanówka, przystanek Kazimierówka). Kupili dom i piekarnię przy ulicy Marszałkowskiej. Ich piekarnia pod kontrolą Niemców działała przez całą okupację. Dla Niemców miał być pieczony chleb biały, dla Polaków czarny. Stanisław został oskarżony przez sąsiada rodaka o posiadanie radia i osadzony w więzieniu na Pawiaku, skąd za opłatą wydostała go rodzina i przewiozła do domu.
Jeszcze w czasie okupacji, kiedy Jarosław Iwaszkiewicz sprzedawał działki w Podkowie Leśnej, państwo Bębeńcowie kupili od niego plac przy ulicy Brwinowskiej 14 i tu uprawiali ziemię, sadzili kartofle, warzywa. Dom i piekarnię w Kazimierówce sprzedali panu Pietrasowi, który w latach 60. miał budkę z pieczywem w centrum Podkowy Leśnej, na terenie obecnego Parku Przyjaźni Polsko-Węgierskiej.
Stanisław zatrudniał kilka osób, m.in. krewnego Marcela Bębeńca, mieszkającego przy ulicy Kukułek. Początkowo pracę w piekarni wykonywało się tylko ręcznie, potem Stanisław kupił maszyny do ciasta, ale chleby, bułeczki, rogale nadal ważyło się i wyrabiało ręcznie. Właściciel był ceniony szczególnie za smaczny chleb razowy, ciasto drożdżowe i plecione chałki. Na święta swoje wypieki zanosił w prezencie do Urzędu Miasta, proboszczom Franciszkowi Barańskiemu i Leonowi Kantorskiemu oraz znajomym. Ponieważ na początku lat 60. obowiązywał zakaz sprzedaży chleba w piekarni, Stanisław otworzył w tym samym budynku, na rogu Błońskiej i Brwinowskiej, oddzielny sklepik z pieczywem. Rozwoził je też, za pomocą zabudowanej furmanki, w specjalnych koszach wiklinowych, do prywatnych sklepów w Podkowie Leśnej: do pani Całki na Wschodniej, p. Niwińskiej przy ulicy Akacjowej, do pani Jadzi w drewniaczku przy stacji WKD Podkowa Leśna Główna, a także do Brwinowa. Piec piekarniczy pana Bębeńca był opalamy drewnem, sosnowymi szczapami. Z powodu tej technologii piekarnia miała duże powodzenie. Mieszkańcy do dziś pamiętają niesamowity zapach tego pieczywa (spowodowany dodawaniem na koniec wypalania gałązki jałowca). Z nagrzanych pieców korzystały sąsiadki, piekąc w sobotę swoje ciasta.
Przez długi okres, od lat 50., dom Bębeńców przy ulicy Brwinowskiej 14 podlegał kwaterunkowi i był zasiedlony przez lokatorów.
Tę popularną w Podkowie Leśnej piekarnię Stanisław prowadził z żoną prawie ćwierć wieku. Na jakiś czas wynajął ją kuzynowi, potem panu Smolarkowi, a od 1968 r. przejął ją Jan Dworak. Wkrótce Henryka i Jan Dworakowie też kupili nieopodal plac i postawili swoją piekarnię, która od 1982 r. działa do dziś przy ulicy Brwinowskiej 29.
W budynku dawnej piekarni i sklepu z pieczywem państwa Bębeńców mieszkają obecnie ich potomkowie: wnuk Grzegorz z żoną Teresą (która w 1982 r. otworzyła tu magiel) i córką Sylwią, podkowiańską listonoszką, oraz wnuczka Ewa z mężem Jerzym, Witczakowie, którzy przez wiele lat mieli w tym miejscu kawiarnię – Cafe 14.
Stanisław Bębeniec zmarł 29 lipca 1977 r., jego żona Marianna odeszła w 1974. Pochowani są na cmentarzu w Milanówku.