Syn artysty malarza Stanisława Masłowskiego i nauczycielki muzyki Anieli z Ponikowskich. Urodził się w Warszawie 24 stycznia 1901 r. Studiował historię i historię sztuki na Uniwersytecie Warszawskim. Przed wojną pracował w Wydziale Sztuki Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego, należał też do Międzyministerialnej Komisji ds. Przemysłu Ludowego i Sztuki Ludowej. Publikował między innymi w „Polsce Zbrojnej w Kulturęˮ, dodatku do gazety „Polska Zbrojnaˮ.
W czasie okupacji wraz z żoną Haliną z Klisińskich (1905–1995) i dwojgiem dzieci (Andrzejem i Krystyną) zamieszał w Otrębusach, a od sierpnia 1945 r. do końca życia wynajmował mieszkanie w Podkowie Leśnej przy ul. Jeleniej 6 (po zmianie numeracji: 36 i 3).
Po wojnie był wykładowcą warszawskiej Wyższej Szkoły Sztuk Plastycznych, dyrektorem Instytutu Upowszechniania Sztuk Plastycznych, w 1948 r. komisarzem działu polskiego podczas Biennale w Wenecji, a w 1949 pełnił funkcję dyrektora Muzeum Polskiego w Rapperswilu w Szwajcarii. W latach 1950–1951 był samodzielnym pracownikiem naukowym w Państwowym Instytucie Sztuki.
Historyk sztuki Jerzy Sienkiewicz podkreślał wielką jego rolę w pracy nad obroną odrębności polskiego malarstwa XIX wieku, pisał, że na wielu zapomnianych artystów nie sposób „spojrzeć bez odkrywczego ich widzenia oczyma Masłowskiegoˮ.
Badacz twórczości Gierymskiego i Chełmońskiego, nie zamykał się w kręgu malarstwa realistycznego. Bardzo cenne są jego uwagi o malarstwie awangardowym, uważał zresztą, że abstrakcjonizm i surrealizm są kontynuacją sztuki romantycznej. Jak wspomina jego syn, Andrzej, „z dystansem odnosił się do wszelkich «izmów», […] widząc w nich przemijające (choć niebezwartościowe) zjawiska o znaczeniu historycznym. «Filozofia zjadła sztukę» – to jego określenie, które zapamiętałemˮ.
Wśród niezrealizowanych planów pisarskich Macieja Masłowskiego były też osobiste wspomnienia, których fragmenty zachowały się na taśmach magnetofonowych i dostępne są w biogramie w Wikipedii. Nagrane zostały również próby nieopublikowanej twórczości poetyckiej:
Myśli twarde
Rąbane siekierą
Na wióry
Do podpałki
W starych piecach
Gdzie diabeł pali
Myśli miękkie potarte
O szorstką ścianę płaczu
Jak zapałki
Patrzę – nie widzę
Słucham – nie słyszę
Myślę – nie rozumiem
Chmury pioruny
Powietrze
Powiedzcie
Powiedzcie mi
Kto jestem.
Czy z deszczem
Spadnę na pola
Czy jak gwiazdy śnieżne
Siądę na szybie
I zajrzę
Do pustego pokoju
Aby zlizał mnie
Niedźwiadek z pluszu
A koń na biegunach
Kopnął w zadek
Wielką pasją Macieja Masłowskiego była muzyka, kolekcjonował folklor, był stałym bywalcem koncertów, a i sam chętnie grywał na fortepianie, zwłaszcza muzykę Fryderyka Chopina.
Zmarł 17 sierpnia 1976 r., pochowany został na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie.