Jego nazwisko wymieniane jest w publikacjach, jednak dopiero po latach udało się ustalić, kim był ów docent Rutkowski, ratujący w Podkowie Leśnej zdrowie i życie rannych powstańców i ludności cywilnej.
Urodził się 24 lutego 1890 r. w Warszawie. Jego ojciec, Zdzisław, nauczyciel, zmarł, gdy Jerzy miał trzy lata, matka, Bronisława z Biernackich, odeszła w 1926 r. Artysta muzyk Antoni Rutkowski to jego stryj. Jerzy był jednym z pierwszych absolwentów utworzonego w Warszawie Gimnazjum gen. Pawła Chrzanowskiego (dziś Liceum Ogólnokształcące im. Jana Zamoyskiego przy ul. Smolnej). W 1909 r. zdał maturę, której nie uznawano, więc zmuszony był zdać ją ponownie po rosyjsku, w Orle. Studia medyczne ukończył w Moskwie w 1914 r. Kształcił się też w Heidelbergu, Zurychu, Wiedniu, Paryżu. W czasie wielkiej wojny został zmobilizowany do armii carskiej jako lekarz wojskowy. W latach 1917–1918 był lekarzem szpitala dywizyjnego I Korpusu Polskiego gen. Józefa Dowbora-Muśnickiego. W 1917 r. ożenił się ze Stanisławą z domu Dąbrowską, pochodzącą z Kublicza na Podolu. Mieszkali w Kijowie, gdzie Jerzy pracował w Klinice Chirurgicznej Uniwersytetu Kijowskiego. Po ucieczce przed rewolucją październikową, na początku 1920 r., rodzinie udało się wrócić do Warszawy. Służył w Wojsku Polskim jako lekarz, w stopniu kapitana, i został zatrudniony w Szpitalu Ujazdowskim. Potem leczył pacjentów w II Klinice Chirurgicznej Uniwersytetu Warszawskiego, w Szpitalu św. Ducha przy ul. Elektoralnej. Uzyskał kolejne stopnie naukowe (w 1930 – docenta medycyny). Zajmował się też chirurgią onkologiczną, był ordynatorem Oddziału Chirurgii w Instytucie Radowym im. Marii Curie-Skłodowskiej (1933–1943), po wojnie wykonywał operacje w odbudowanym Instytucie Onkologii. We wrześniu 1939 r., będąc ordynatorem (1936–1944) I Oddziału Chirurgicznego Szpitala Dzieciątka Jezus w Warszawie (obecnie Szpital Kliniczny Dzieciątka Jezus), został ciężko ranny w wyniku bombardowania. Mocno okaleczona została także jego żona. Córka Irena, studentka medycyny, pracowała wtedy w tym szpitalu jako sanitariuszka. Syn Jerzy też był sanitariuszem. Wszyscy znaleźli się pod gruzami. W czasie okupacji na swoim oddziale Jerzy senior zaangażowany był w tajne nauczanie młodzieży akademickiej.
W październiku 1945 r., po pobycie w Zakopanem, Jerzy Rutkowski objął kierownictwo II Kliniki Chirurgicznej Uniwersytetu Łódzkiego (później Akademii Medycznej). W 1946 r. został profesorem zwyczajnym chirurgii. Po prawie dziesięciu latach wrócił do Warszawy, otrzymał stanowisko kierownika II Zakładu Chirurgii Ogólnej Instytutu Doskonalenia i Specjalizacji Kadr Lekarskich, równocześnie mianowano go ordynatorem Oddziału Chirurgicznego Szpitala Miejskiego nr 6 (dawny Szpital Elżbietanek), gdzie pracował do emerytury. Potem w przyszpitalnym ambulatorium nadal leczył chorych, w szczególności na dychawicę oskrzelową.
Jak wspomina jego wnuk, Robert Rudowski, „trudno znaleźć dziedzinę chirurgii, w której nie byłoby wkładu profesora”. Operował raka przełyku, zainicjował chirurgiczne leczenie gruźlicy płuc, wprowadzał nowe metody i techniki operacyjne, wynalazł prosty przyrząd do przetaczania krwi, operował chorych na nowotwory. Był pionierem cewnikowania serca w Polsce. Dokładne informacje dotyczące jego różnorakich specjalności znaleźć można w naukowych opracowaniach.
Napisał kilkaset artykułów. Jest autorem i współautorem podręczników (wykaz jego publikacji dostępny jest w Bibliotece Narodowej). Wykształcił wielu następców, w tym uznanych profesorów chirurgii.
Był m.in. członkiem honorowym Towarzystwa Chirurgów Polskich, członkiem Polskiego Towarzystwa Lekarskiego, Polskiego Towarzystwa Onkologicznego, Międzynarodowego Towarzystwa Chirurgicznego, prezesem Towarzystwa Chirurgów Polskich, członkiem Rady Naukowej Instytutu Hematologii.
W 1956 r. otrzymał Nagrodę Państwową III stopnia. Jego imieniem nazwano salę operacyjną II Kliniki Chirurgicznej Akademii Medycznej w Szpitalu im. Seweryna Sterlinga w Łodzi. Odznaczony został m.in. Krzyżem Walecznych, Złotym Krzyżem Zasługi, Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski.
Jerzy i Stanisława Rutkowscy mieli dwoje dzieci: Irenę (ur. w 1918, później Rudowska-Jakubowicz, lekarz dermatolog) oraz Jerzego (ur. w 1920 – inżynier elektronik i termodynamik, profesor Politechniki Warszawskiej).
Z Podkową Leśną związany był nie tylko Jerzy senior. Po wojnie jego żona kupiła tutaj działkę, a córka wybudowała dom, w którym do dziś mieszka z mężem wnuczka, Joanna Rudowska-Okrasko, lekarz dermatolog, pracująca przez wiele lat w podkowiańskiej przychodni. Prawnuk, Przemysław Rudowski z rodziną także osiadł w Podkowie.
Profesor Jerzy Maciej Rutkowski zmarł 24 maja 1972 r. w Warszawie. Pochowany jest wraz z żoną na Starych Powązkach.