Był synem lekarzy Jana Walca i Róży Marii z Nowotnych. „Urodziłem się w Warszawie 22 września 1948 r., w rodzinie inteligenckiej, żeby nie powiedzieć burżuazyjnej. Od urodzenia mieszkam w Podkowie Leśnej, we dworze stanowiącym nędzne resztki fortuny zbitej przez moich przodków krwiopijców” – pisał w swoim żartobliwym życiorysie. W gruncie rzeczy rodzina była zdecydowanie inteligencka, o poglądach raczej socjalistycznych, a dom przy ul. Borowin 5 (wcześniej: majątek Borowin), służący w czasie okupacji za schronienie wielu rozbitkom i ukrywającym się Żydom, to porosyjska dacza jeszcze sprzed wielkiej wojny.
Uczył się w szkole podstawowej w Podkowie Leśnej, a następnie w Liceum im. Tadeusza Reytana w Warszawie. Studiował na Uniwersytecie Warszawskim, początkowo pedagogikę, później polonistykę. Podczas wydarzeń marcowych w 1968 r. działał w studenckim komitecie strajkowym, został aresztowany i na pewien czas zawieszony w prawach studenta. Studia ukończył w 1971 r. Wtedy też z żoną i córką na powrót zamieszał w domu rodzinnym w Podkowie.
Publikował recenzje literackie we „Współczesności”, „Polityce”, „Literaturze” i „Literaturze na Świecie”. Pracował jako nauczyciel w Liceum im. Stefana Batorego, asystent w Państwowym Instytucie Pedagogiki Specjalnej i wykładowca w Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej. Z pracy w liceum został zwolniony za niestereotypowe metody nauczania i partnerskie podejście do uczniów. W latach 1972–1975 wraz z żoną zajmował się porządkowaniem archiwum Jarosława Iwaszkiewicza. W 1975 r. obronił pracę doktorską w Instytucie Badań Literackich PAN.
Nieustannie był inwigilowany przez Służbę Bezpieczeństwa. Szczególnie od roku 1976, kiedy podjął współpracę z Komitetem Obrony Robotników, solidaryzował się z sygnatariuszami Listu 59 – to wszystko sprawiło, że objęty został zakazem druku i odtąd publikował już tylko w czasopismach drugiego obiegu („Biuletyn Informacyjny”, „Krytyka”, „Zapis”, „Głos”), a od 1980 r. w czasopismach NSZZ „Solidarność”. Była to najczęściej ostra publicystyka społeczna. Wiktor Woroszylski nazwał go „młodym gniewnym antykomunistycznej opozycji i prasy podziemnej”.
Prowadził wykłady z historii literatury w ramach niezależnego Towarzystwa Kursów Naukowych, był członkiem Komisji Helsińskiej, współpracował z Biurem Interwencyjnym KOR-u. Sam zajmował się też drukowaniem książek dla Niezależnej Oficyny Wydawniczej, co było szczególnie ważne dla samych drukarzy, którzy widzieli, że, jak wspomina Mirosław Chojecki, „nie tylko oni są od wykonywania czarnej roboty, ale ci z samej góry też mają ręce umorusane”. Swoją drogą, potrafił też opisać podziemną działalność drukarską z humorem i autoironią w słynnym artykule My, wolna wałkowa („Biuletyn Informacyjny” 1980, nr 4).
W 1981 r. zatrudnił się w Instytucie Badań Literackich PAN. Internowano go 13 grudnia, osadzono w więzieniu w Białołęce, a następnie w obozie w Drawsku. Po wyjściu na wolność nadal współpracował z Niezależną Oficyną Wydawniczą i prasą podziemną. W 1986 r. został usunięty z IBL PAN. Podczas narady wydawnictw niezależnych w 1988 r. zdeklarował się wraz z Czesławem Bieleckim jako zdecydowany przeciwnik rozmów z władzą.
Dzięki zmianom politycznym w kraju, rok później przywrócono go do pracy. Należał do Komitetu Założycielskiego Stowarzyszenia Pisarzy Polskich.
W latach 90. publikował w „Wokandzie” i w „Życiu Warszawy”. Po 1989 r. drogi jego i wielu ludzi opozycji się rozeszły. Nie akceptował przemian liberalnych i doskwierał mu brak nowej lewicy.
Za życia Jana Walca ukazały się tom jego artykułów Wybierane (1989), monografia Adama Mickiewicza Architekt Arki (1991), Ja już wygrałem – rozmowy z Andrzejem Celińskim (1991) i zbiór szkiców Wielka choroba (1992), pośmiertnie – tom rozproszonych tekstów Ja tu tylko sprzątam (1995).
Jak pisał Julian Kornhauser: „Jan Walc należał do tych nielicznych krytyków literackich (badaczy literatury), którzy nigdy nie ulegali utartym sądom i wbrew obowiązującym ustaleniom forsowali własny, często obrazoburczy i przysparzający im przeciwników, punkt widzenia”. Sergiusz Kowalski zwracał się do Walca: „Wszelkie problemy umieszczasz na płaszczyźnie etyki, gdzie możesz już ferować wyroki ostre, okazać surowość i pogardę dla kompromisu”. Tę postawę uzasadnia Józef Duriasz: „Janek całym sobą buntował się przeciw złu”.
Joanna Trzeciak-Walc (pobrali się w 1967 r., mieli dwoje dzieci: Ikę i Jana Andrzeja) jako najważniejsze cechy charakteru męża wymieniała: romantyczną prawość, bezczelność, zadziorność i łatwowierność.
Głośnym echem odbił się jego pamflet Mefisto z kwiatem glicynii, opublikowany kilka lat po śmierci Jarosława Iwaszkiewicza, a wcześniej jeszcze artykuł 98 – 6 + 1 = 91, zamieszczony w 1975 r. w warszawskiej „Kulturze”. W tym drugim zarzucał niekompetencję nauczycielkom matematyki i języka polskiego z podkowiańskiej szkoły podstawowej, w której uczyła się wtedy jego córka. Artykuł wywołał burzę, a sprawa zakończyła się w sądzie, który uniewinnił autora.
Dom Walców odegrał ogromną rolę w polskiej kulturze niezależnej lat 70. i początku 80. Tu odbywały się spotkania opozycji, wykłady Towarzystwa Kursów Naukowych, pokazy filmów zakazanych przez cenzurę. Często służył za drukarnię (przede wszystkim „Biuletynu Informacyjnego”) i miejsce, w którym składano książki i czasopisma drugiego obiegu. Dodać warto, że w domku ogrodnika na tej samej posesji już w 1945 r., po wejściu Sowietów, miał swoją tajną drukarnię Henryk Józewski (polityk i działacz państwowy II Rzeczypospolitej, po II wojnie jeden z najdłużej ukrywających się działaczy podziemia niepodległościowego), w której powstawało czasopismo „Polska Niepodległa”.
Jan Walc zmarł w Warszawie 10 lutego 1993 r., pochowany został na cmentarzu kalwińskim.