Był synem lekarzy Jana Walca i Róży Marii z Nowotnych. „Urodziłem się w Warszawie 22 września 1948 r., w rodzinie inteligenckiej, żeby nie powiedzieć burżuazyjnej. Od urodzenia mieszkam w Podkowie Leśnej, we dworze stanowiącym nędzne resztki fortuny zbitej przez moich przodków krwiopijców” – pisał w swoim żartobliwym życiorysie. W gruncie rzeczy rodzina była zdecydowanie inteligencka, o poglądach raczej socjalistycznych, a dom przy ul. Borowin 5 (wcześniej: majątek Borowin), służący w czasie okupacji za schronienie wielu rozbitkom i ukrywającym się Żydom, to porosyjska dacza jeszcze sprzed wielkiej wojny.
Uczył się w szkole podstawowej w Podkowie Leśnej, a następnie w Liceum im. Tadeusza Reytana w Warszawie. Studiował na Uniwersytecie Warszawskim, początkowo pedagogikę, później polonistykę. Podczas wydarzeń marcowych w 1968 r. działał w studenckim komitecie strajkowym, został aresztowany i na pewien czas zawieszony w prawach studenta. Studia ukończył w 1971 r. Wtedy też z żoną i córką na powrót zamieszał w domu rodzinnym w Podkowie.
Publikował recenzje literackie we „Współczesności”, „Polityce”, „Literaturze” i „Literaturze na Świecie”. Pracował jako nauczyciel w Liceum im. Stefana Batorego, asystent w Państwowym Instytucie Pedagogiki Specjalnej i wykładowca w Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej. Z pracy w liceum został zwolniony za niestereotypowe metody nauczania i partnerskie podejście do uczniów. W latach 1972–1975 wraz z żoną zajmował się porządkowaniem archiwum Jarosława Iwaszkiewicza. W 1975 r. obronił pracę doktorską w Instytucie Badań Literackich PAN.
W 1981 r. zatrudnił się w Instytucie Badań Literackich PAN. Internowano go 13 grudnia, osadzono w więzieniu w Białołęce, a następnie w obozie w Drawsku. Po wyjściu na wolność nadal współpracował z Niezależną Oficyną Wydawniczą i prasą podziemną. W 1986 r. został usunięty z IBL PAN. Podczas narady wydawnictw niezależnych w 1988 r. zdeklarował się wraz z Czesławem Bieleckim jako zdecydowany przeciwnik rozmów z władzą.
Dzięki zmianom politycznym w kraju, rok później przywrócono go do pracy. Należał do Komitetu Założycielskiego Stowarzyszenia Pisarzy Polskich.
W latach 90. publikował w „Wokandzie” i w „Życiu Warszawy”. Po 1989 r. drogi jego i wielu ludzi opozycji się rozeszły. Nie akceptował przemian liberalnych i doskwierał mu brak nowej lewicy.
Za życia Jana Walca ukazały się tom jego artykułów Wybierane (1989), monografia Adama Mickiewicza Architekt Arki (1991), Ja już wygrałem – rozmowy z Andrzejem Celińskim (1991) i zbiór szkiców Wielka choroba (1992), pośmiertnie – tom rozproszonych tekstów Ja tu tylko sprzątam (1995).
Jak pisał Julian Kornhauser: „Jan Walc należał do tych nielicznych krytyków literackich (badaczy literatury), którzy nigdy nie ulegali utartym sądom i wbrew obowiązującym ustaleniom forsowali własny, często obrazoburczy i przysparzający im przeciwników, punkt widzenia”. Sergiusz Kowalski zwracał się do Walca: „Wszelkie problemy umieszczasz na płaszczyźnie etyki, gdzie możesz już ferować wyroki ostre, okazać surowość i pogardę dla kompromisu”. Tę postawę uzasadnia Józef Duriasz: „Janek całym sobą buntował się przeciw złu”.
Joanna Trzeciak-Walc (pobrali się w 1967 r., mieli dwoje dzieci: Ikę i Jana Andrzeja) jako najważniejsze cechy charakteru męża wymieniała: romantyczną prawość, bezczelność, zadziorność i łatwowierność.
Głośnym echem odbił się jego pamflet Mefisto z kwiatem glicynii, opublikowany kilka lat po śmierci Jarosława Iwaszkiewicza, a wcześniej jeszcze artykuł 98 – 6 + 1 = 91, zamieszczony w 1975 r. w warszawskiej „Kulturze”. W tym drugim zarzucał niekompetencję nauczycielkom matematyki i języka polskiego z podkowiańskiej szkoły podstawowej, w której uczyła się wtedy jego córka. Artykuł wywołał burzę, a sprawa zakończyła się w sądzie, który uniewinnił autora.
Dom Walców odegrał ogromną rolę w polskiej kulturze niezależnej lat 70. i początku 80. Tu odbywały się spotkania opozycji, wykłady Towarzystwa Kursów Naukowych, pokazy filmów zakazanych przez cenzurę. Często służył za drukarnię (przede wszystkim „Biuletynu Informacyjnego”) i miejsce, w którym składano książki i czasopisma drugiego obiegu. Dodać warto, że w domku ogrodnika na tej samej posesji już w 1945 r., po wejściu Sowietów, miał swoją tajną drukarnię Henryk Józewski (polityk i działacz państwowy II Rzeczypospolitej, po II wojnie jeden z najdłużej ukrywających się działaczy podziemia niepodległościowego), w której powstawało czasopismo „Polska Niepodległa”.
Jan Walc zmarł w Warszawie 10 lutego 1993 r., pochowany został na cmentarzu kalwińskim.