Urodził się 22 stycznia 1953 r. w Bytomiu. Matka, Bronisława, była córką powstańca śląskiego z Opolszczyzny, Pawła Barczyka. Ojciec, Rajmund Stanienda, po plebiscycie śląskim w 1921 r. zamieszkał z rodzicami w Chorzowie. Z wykształcenia był inżynierem górniczym po paryskiej L’Ecole Supérieure des Mines, całe życie zawodowe związał z pracą w przemyśle węglowym na Górnym Śląsku. Po zakończeniu II wojny światowej poślubił Bronisławę, zamieszkali w Bytomiu. Mieli dwoje dzieci Barbarę i Jana.

Rodzice Jana nie mieli wykształcenia muzycznego, ale obydwoje grali na fortepianie. W domu często grywano na cztery ręce, co sprawiało wszystkim dużo radości. Rodzina uczestniczyła też w wydarzeniach muzycznych na terenie miasta.

W 1959 r. Jan rozpoczął naukę w Państwowej Szkole Muzycznej Stopnia Podstawowego i Licealnego im. Fryderyka Chopina w Bytomiu. Wybrał skrzypce jako swój główny instrument. Miał słuch absolutny, robił szybkie postępy w nauce, pamięciowe opanowywanie utworów przychodziło mu z dużą łatwością. W 1971 r. podjął studia w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej (późniejszej Akademii Muzycznej) im. Fryderyka Chopina w Warszawie. Dyplom zdobył w 1975 r. w klasie skrzypiec, pod kierunkiem Krzysztofa Jakowicza.

Od 1975 r. był członkiem Polskiej Orkiestry Kameralnej Jerzego Maksymiuka. W 1977 r. został jej koncertmistrzem i solistą. Rok później uzyskał wyróżnienie na Międzynarodowym Konkursie Skrzypcowym im. Niccolo Paganiniego w Genui.

Z żoną, Anną z Bielaszewskich, poznali się na studiach. Anna studiowała w klasie organów. Ceremonii zaślubin, 2 lipca 1978 r. w kościele św. Krzyża, towarzyszyła Polska Orkiestra Kameralna, dyrygowana przez Jerzego Maksymiuka. Po ślubie Anna i Jan zamieszkali w Podkowie Leśnej przy al. Lipowej 20. Małżeństwo doczekało się dwóch synów: Tomasza (ur. 1980) i Krzysztofa (ur. 1986, pianista i wykładowca Uniwersytetu Muzycznego Fryderyka Chopina w Warszawie).

W latach 1986–2000 Jan Stanienda był koncertmistrzem orkiestry Sinfonia Varsovia. Jako „premier violon soloˮ, w latach 1991–1992 prowadził Orchestre de Chambre National de Toulouse. Z zespołem tym wystąpił 1 stycznia 1992 r. w Dubrowniku, na koncercie na rzecz pokoju, „Muzyka przeciwko zgiełkowi wojny”, z udziałem wybitnej sopranistki Barbary Hendricks. Pełnił także funkcję kierownika artystycznego Orkiestry Kameralnej „Leopoldinumˮ (1992–1995), a później dyrektora artystycznego Orkiestry Kameralnej „Wratislaviaˮ, którą współzakładał (1996–2021). Był pomysłodawcą i dyrektorem artystycznym, kontynuowanego po jego śmierci, wrocławskiego Festiwalu Muzyki Kameralnej „Wieczory w Arsenale”. Na dziedzińcu Arsenału jest wmurowana tablica poświęcona pamięci muzyka. W latach 2005–2019, też jako dyrektor artystyczny, miał w swej pieczy coroczne Europejskie Warsztaty Muzyczne i Letnie Warsztaty Orkiestrowe w Kołobrzegu. W 2006 r. został laureatem Wrocławskiej Nagrody Muzycznej za sezon 2005/2006. Jednocześnie zajmował się pracą pedagogiczną, jako profesor klasy skrzypiec na Uniwersytecie Muzycznym Fryderyka Chopina w Warszawie.

Grał z wieloma znakomitymi muzykami, m.in. z sir Yehudim Menuhinem, Maurice’em André, Michalą Petri, Wandą Wiłkomirską, Krzysztofem Jakowiczem, Janoszem Starkerem, Barbarą Hendricks, Morisem Bourge, Lidią Grzanką-Urbaniak, Krzysztofem Jabłońskim, Andriejem Gridczukiem, Grzegorzem Nowakiem, Tadeuszem Wojciechowskim, Guyem Touvronem, Nigelem Kennedym i Ewą Pobłocką. Występował w takich salach, jak Carnegie Hall w Nowym Jorku, Filharmonia Berlińska, Concertgebouw w Amsterdamie, Auditorio Nacional de Música w Madrycie, Barbican Center i Royal Albert Hall w Londynie, Santa Cecilia w Watykanie.

Wraz z grupą smyczkową Menuhin Festival Orchestra odbył tournée koncertowe po Japonii i Niemczech. Dokonał wielu prawykonań utworów współczesnych kompozytorów polskich oraz nagrań dla Polskiego Radia, radia francuskiego (RFI), Telewizji Polskiej, Telewizji Francuskiej oraz firm fonograficznych: Aperto, Tonpress Linn Records i innych. Był legendarnym koncertmistrzem, wybitnym kameralistą, błyskotliwym wirtuozem. W roku 2022 Wydział Instrumentów Smyczkowych UMFC ogłosił organizację i Międzyuczelnianego Konkursu Kaprysów Jana Staniendy.

W roku 2023 nadano jego imię Otwockiemu Festiwalowi Muzyki – jako współtwórcy (2003–2013) i przez 10 lat dyrektora artystycznego tej imprezy.

Prowadził letnie i zimowe kursy mistrzowskie, m.in. w Kołobrzegu, Janowcu nad Wisłą, Pucku, Nałęczowie i w Puławach. Był uwielbiany i ceniony przez studentów. Dziś jego wychowankowie koncertują na całym świecie. Zasiadał w jury krajowych i międzynarodowych konkursów skrzypcowych.