Urodził się 29 sierpnia 1876 r. w Bobrownikach, w okolicach Puław. Pochodził z rodziny ziemiańskiej. Uczył się w warszawskich gimnazjach, najpierw Wojciecha Górskiego, następnie Jana Pankiewicza, z którego za konspiracyjną pracę samokształceniową został usunięty. Maturę zdał w 1897 r. w Pińsku. Studiował malarstwo w Akademii Sztuk Pięknych w Petersburgu (1898–1899) u Léona Baksta i Jana Ciąglińskiego, później w Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie (1900–1903) u Jacka Malczewskiego, Józefa Mehoffera i Teodora Axentowicza, a także w prywatnej Akademii Colarossiego w Paryżu, gdzie jego nauczycielami byli Lucien Simon i Émile-René Ménard. Tam zapoznał się z impresjonizmem.
W Paryżu poślubił Teodorę z Trenklerów; świadkiem na ich ślubie był syn Adama Mickiewicza – Władysław. Po powrocie z Paryża (prawdopodobnie w 1904) Skotnicki zamieszkał w Krakowie. Uczestniczył w życiu artystycznym Młodej Polski. Brał udział w przyjęciu weselnym w Bronowicach (jesień 1900), którym inspirował się Wyspiański, pisząc Wesele. Był jednym z inicjatorów kabaretu „Zielony Balonik” (1905).
W 1908 r. przeniósł się do Zakopanego, gdzie z przerwami przebywał do 1917 r. W Zakopanem poznał Józefa Piłsudskiego. Był jednym z inicjatorów powstania Towarzystwa „Sztuki Podhalańskiej”. Kierował założonym w 1910 r. Stowarzyszeniem „Kilim” i z żoną Teodorą projektował tkaniny dekoracyjne. Stowarzyszenie wzięło udział w Pierwszej Wystawie Współczesnej Sztuki Kościelnej im. Piotra Skargi w Krakowie w 1911 r., na którą Skotnicki zaprojektował kilimy do kaplicy domowej. W okresie krakowskim i zakopiańskim spotykał się wielokrotnie z bratem Albertem Chmielowskim, franciszkaninem, założycielem zgromadzenia albertynów i albertynek. W związku z tym, podczas procesu beatyfikacyjnego brata Alberta w 1948 r., Skotnicki był wzywany do złożenia zeznań, jako jedna z niewielu żyjących osób znających zakonnika osobiście.
W 1912 r. przeniósł się do Warszawy. Wszedł do zarządu Towarzystwa Przyjaciół Sztuk Graficznych. Od wybuchu wielkiej wojny zajął się działalnością społeczno-polityczną. Wspominał: „W okresie, kiedy rozstrzygały się sprawy narodzin Polski, kiedy świat cały nadludzkie czynił zmagania, uważałem, że malowanie moich obrazów jest czymś śmiesznie drobnym, małym, zadawalającym jedynie moje osobiste upodobania. Udział w tworzeniu niepodległej Polski stał się dla mnie nakazem chwili”. Wspierał działania Legionów Polskich, był na froncie walk I i II Brygady. Jako prezes Komitetu Pomocy Ofiarom Wojny w Zakopanem przyczynił się do zwolnienia Lenina z aresztu austriackiego w Poroninie, za co ten osobiście mu dziękował. Gdy w 1946 r. do domu malarza w Podkowie Leśnej niespodziewanie przyjechali funkcjonariusze NKWD, by dziękować mu raz jeszcze, wykorzystał sytuację i zwrócił się o uwolnienie swego krewnego z łagru.
W latach 1918–1928 Skotnicki zarzucił działalność artystyczną na rzecz polityki. Tylko na krótko wycofał się z życia publicznego po śmierci syna – Zdzisława, jedynego dziecka – w listopadzie 1918 r. W czasie wojny polsko-bolszewickiej (1919–1921) służył cztery miesiące jako kanonier w 1 Pułku Artylerii Polowej. Od 1919 r. pracował w Ministerstwie Sztuki i Kultury, w latach 1922–1928 pełnił funkcję dyrektora Departamentu Sztuki. Był świadkiem zabójstwa prezydenta RP Gabriela Narutowicza w warszawskiej Zachęcie 16 grudnia 1922 r. Współzakładał Klub Społeczno-Polityczny, którego celem było zjednoczenie środowiska polskich liberałów. W 1922 r. współtworzył też Unię Narodowo-Państwową, partię liberalną. Po zakończeniu pracy w Departamencie Sztuki Skotnicki wyjechał w długą podróż do Włoch i na Bałkany.
W 1932 r. przeniósł się do swego domu w Podkowie Leśnej przy ul. Bukowej róg Grabowej, ale zatrzymał mieszkanie warszawskie. Dom w Podkowie był przede wszystkim jego pracownią. Taras zdobi widoczna od strony ul. Grabowej rzeźba Nike z Samotraki, natomiast ścianę frontową, od strony ul. Bukowej, kolorowy witraż przedstawiający Matkę Boską. Witraż ten artysta otrzymał od oo. paulinów z częstochowskiego klasztoru w podziękowaniu za wkład w konserwację obrazu Matki Boskiej Królowej Polski.
Skotnicki osiadł w Podkowie Leśnej na stałe na początku okupacji i mieszkał tu aż do śmierci. Po wojnie współorganizował grupę „Niezależni” (1946), później przemianowaną na „Grupę Twórczą Zachęta” (1955). Duża wystawa prac Skotnickiego, podsumowująca jego artystyczne dokonania, odbyła się w Zachęcie w 1957 r. Jego twórczość obejmowała zarówno technikę olejną, jak i akwarelę. Rysował także i tworzył grafikę. W tym samym roku zostały wydane jego wspomnienia Przy sztalugach i przy biurku, w których skupił się na okresie krakowskim, a w dalszej części poświęcił więcej miejsca polityce niż życiu artystycznemu i sztuce.
W latach 1947–1951 Skotnicki wrócił do pracy w Muzeum Przemysłu i Rolnictwa (MPiR), którego wiceprezesem był od 1937 r. do wybuchu wojny, objął też na krótko stanowisko dyrektora Departamentu Plastyki w resorcie Kultury i Sztuki. Był aktywny na terenie lokalnym. Założył Ognisko Kultury Plastycznej w Grodzisku Mazowieckim i był jego pierwszym dyrektorem (1947–1950), prowadził zajęcia z historii sztuki i nauczał malarstwa. W tym czasie napisał podręcznik do historii sztuki Abecadło sztuki. Obecnie ognisko w Grodzisku nosi jego imię.
Jan Skotnicki zmarł 14 stycznia 1968 r. w Podkowie Leśnej. Został pochowany na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie.
W 1988 r. dom ze skrzydlatą Nike został wpisany do rejestru zabytków. Mieszka w nim obecnie stryjeczna wnuczka artysty z rodziną, a po ogrodzie biegają kolejne pokolenia pięknych psów.