Urodził się 1 czerwca 1942 r. w Ciścu koło Żywca. W latach 1958–1962 studiował filozofię w Towarzystwie Salezjańskim (Studentat Filozoficzny) w Oświęcimiu, a następnie na Uniwersytecie Wrocławskim filologię rosyjską, którą ukończył w 1968 r. na Uniwersytecie Jagiellońskim. Pracę doktorską na temat literackiej twórczości Wasilija Szukszyna obronił w 1978 r.
Po studiach pracował jako redaktor w prasie katolickiej wydawanej przez Stowarzyszenie „PAX”, specjalizując się w tematyce ekumenicznej. Był m.in. kierownikiem działu religijno-światopoglądowego tygodnika „Kierunki”, a w miesięczniku „Życie i Myśl” zajmował się publicystyką teologiczną. W latach 1968–1973 przygotował szereg publikacji naukowych w „Biuletynie Ekumenicznym” Komisji Episkopatu Polski. W latach 1978–1981 był w „PAX” zastępcą kierownika Wydziału Zagranicznego.
Uczestniczył w inauguracji pontyfikatu Jana Pawła II, a potem wielokrotnie brał udział w pielgrzymkach papieskich jako korespondent, do Hiszpanii, Irlandii, USA i Francji. Redagował dla tygodnika „Kierunki” rubrykę „Z nauczania Jana Pawła II”, a z ks. Franciszkiem Blachnickim współpracował przy wydawaniu czasopisma Ruchu Światło-Życie „Głos Papieża Jana Pawła II”. Instytut Wydawniczy PAX publikował homilie i przemówienia papieża w tłumaczeniu Jana Jarco.
Należał do obsługi prasowej I Zjazdu NSZZ „Solidarność” w Gdańsku, gdzie korzystano z jego doświadczenia jako tłumacza, znał bowiem biegle języki rosyjski, hiszpański i włoski (a biernie francuski, angielski, niemiecki, a ponadto łacinę i grekę). Kierował Działem Zagranicznym Biura Informacji Prasowej NSZZ „Solidarność” (1981–1982), a następnie działem dokumentacji i analiz prasy zagranicznej BIP. Po latach był jednym z autorów haseł do Encyklopedii „Solidarności”.
Interesował się ruchem ekumenicznym. w latach 1987–1996 związany był z Ośrodkiem Dokumentacji i Studiów Społecznych. Prowadził dział zagraniczny katolickiego tygodnika „Ład”, gdzie miał też stałą rubrykę „Na Wschodzie”. Współpracował jako redaktor z miesięcznikiem „Znaki Czasu” i z „Kurierem Synodalnym”, redagował tygodnik „Spotkania” i kwartalnik „Społeczeństwo”. Organizował Pracownię Wschodnioeuropejską w katolickim Ośrodku Dokumentacji i Studiów Społecznych w Warszawie, a następnie nią kierował (1987–1989), był twórcą i redaktorem naczelnym przeglądu „Pobratymcy”. W latach 1990–2001 współpracował z Katolicką Agencją Informacyjną.
Specjalizował się w dziejach chrześcijaństwa na Ukrainie, Białorusi i w Rosji. W latach 1983–1988 zajmował się tematem 1000-lecia chrztu Rusi, przebywał na stypendium w Rzymie i w Watykanie, gdzie na międzynarodowym kongresie w 1985 r. wygłosił referat poświęcony dziedzictwu świętych Cyryla i Metodego. W tym samym roku został zaproszony przez Rosyjską Akademię Nauk do Moskwy z referatem Święty Andrzej – apostoł Rusi. Ścisły związek z milenium chrztu Rusi miała publikacja Dar Polski Białorusinom, Rosjanom i Ukraińcom na Tysiąclecie ich Chrztu Świętego, będąca inicjatywą społeczną kilku katolików świeckich otwartych na to, co dzieje się w bratnich kościołach. Zawiera ona pionierskie opracowanie kalendarium Sacrum Russiae Millenium przygotowane przez Jana Jarco.
W wywiadzie udzielonym Bohdanowi Skaradzińskiemu (ps. Kazimierz Podlaski) opowiadał o wrażeniach z centralnych uroczystości w Moskwie: „Szczególnie ujął mnie bardzo trafny gest Księdza Prymasa – przekazanie Patriarsze Pimenowi relikwii błog. Brata Alberta. Widzę w tym kapitalny symbol pojednania: carski więzień, zesłaniec, beatyfikowany w Kościele katolickim przybywa na Ruś jako ofiarnik miłosierdzia, by wesprzeć Kościoły chrześcijańskie w ZSRR na bardzo pilnym odcinku pracy charytatywnej. Gest ten ma więc olbrzymią wymowę międzykościelną, międzynarodową i równocześnie chrześcijańsko-społeczną”. W wywiadzie tym sformułował też przesłanie dla polskich katolików: „Sądzę, że bez poznania Rusi nie poznamy siebie, nie odzyskamy własnej tożsamości i nigdy nie będziemy podmiotem historii doczesnej oraz historii zbawienia”.
Jan Jarco współpracował z Międzywydziałowym Zakładem Badań nad Kulturą Bizantyjsko-Słowiańską i Instytutem Ekumenicznym na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. W latach 1992–1994 był kierownikiem działu w Ośrodku Studiów Wschodnich przy Ministerstwie Współpracy Gospodarczej z Zagranicą, redaktorem czasopism „Nowe Państwo” i „Wspólnota”.
W podkowiańskim kościele 3 czerwca 1984 r. została odprawiona msza święta o pojednanie polsko-ukraińskie. Jan Jarco był jednym z inicjatorów i wraz z Bogdanem Skaradzińskim włożył wiele trudu w organizację tego przedsięwzięcia. Mszę sprawował w obrządku greckokatolickim ojciec Jozafat Romanyk, a Jan Jarco wybrał do niej teksty i modlitwy. Z Bohdanem Skaradzińskim zorganizował też spotkanie w intencji pojednania polsko-litewskiego. Zgromadzeniu Sióstr Świętej Teresy od Dzieciątka Jezus pomagał w przygotowaniu materiałów do procesu beatyfikacyjnego założyciela zgromadzenia, ks. bpa Adolfa Szelążka.
Przetłumaczył na język polski wszystkie dzieła założyciela Opus Dei, św. Josemaríi Escrivy de Balaguera. W 2005 r. został wyróżniony tytułem honorowego obywatela Podkowy Leśnej. Zmarł 9 grudnia 2012 r., jest pochowany na podkowiańskim cmentarzu.