Henryk Karpiński (używał drugiego imienia) był synem Wandy z Kamelskich i Wincentego Karpińskiego, powstańca z 1863 r., pioniera przemysłu chemiczno-farmaceutycznego na ziemiach polskich, właściciela „Fabryki Farb i Lakierów” w Helenówku pod Warszawą (1880) oraz rozlicznych folwarków. Wanda zajmowała się dobroczynnością i do śmierci (1929) prowadziła salon, w którym spotykała się warszawska inteligencja. Henryk urodził się 30 czerwca 1873 r. w Warszawie, jako jedno z dwanaściorga dzieci, z których przeżyło siedmioro. Trzej synowie zapisali się w dziejach polskiej nauki.
Uczył się w gimnazjum klasycznym w Warszawie, a później w Rydze, gdzie w 1892 r. zdał maturę. W latach 1892–1897 studiował na Politechnice Ryskiej i z wyróżnieniem ukończył tamtejszy Wydział Chemiczny. Był członkiem Polskiej Korporacji Akademickiej „Welecja”. Swoją wiedzę uzupełniał na Uniwersytecie w Lipsku i w laboratorium prof. Remigiusa Freseniusa w Wiesbaden. Odbył praktyki w Berlinie i w Wiedniu, i rozpoczął pracę jako chemik w przemyśle garbarskim. w latach 1905–1911 był dyrektorem Towarzystwa Schlösserowskiej Przędzalni Bawełny i Tkalni Sp. Akcyjna w Ozorkowie. Od 1911 r. poświęcił się papiernictwu.
W latach 1911–1915 oraz 1918–1920 pełnił funkcję dyrektora Mirkowskiej Fabryki Papieru w Jeziornie, a następnie dyrektora Towarzystwa Akcyjnego Pabianickiej Fabryki Papieru Robert Saenger. Od roku 1932 do 1937 był prezesem zarządu „Centropapieru”, syndykatu polskich papierni, którego też był współorganizatorem. Po rozwiązaniu syndykatu założył w 1938 r. własne biuro technologii papieru, które prowadził do wybuchu wojny. Równocześnie (1923–1939) wykładał technologię papieru na Politechnice Warszawskiej.
W czasie okupacji Karpiński sprzedał „Korabinek” i kupił willę na warszawskim Mokotowie (nigdy w niej nie zamieszkał). Był wtedy prezesem Zarządu Spółki Akcyjnej „Nasz sklep – Ubrania”, a także dyrektorem fabryki chemicznej „Leszczyński i S-ka Sp. Akc.”. Drugi z domów rodzinnych został sprzedany w latach 80. XX w.
Po wojnie, choć już nie najmłodszy, brał udział w odbudowie zniszczonego przemysłu papierniczego. W latach 1945–1946 pełnił funkcję dyrektora Północnego Zjednoczenia Przemysłu Celulozowo-Papierniczego i organizował odbudowę zakładów przemysłowych. W 1946 r. wrócił do pracy dydaktycznej – na Politechnice Łódzkiej wykładał papiernictwo. Był twórcą łódzkiej „szkoły papiernictwa”, organizatorem i kierownikiem Katedry Papiernictwa, powołanej na uczelni w 1947 r. Funkcję tę pełnił do 1957 r. Rok później uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego. Pracował naukowo do ostatnich dni życia, zmarł 19 lutego 1960 r. Został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski.