Bogdan Wojdowski urodził się 16 listopada 1930 r. w Warszawie, w rodzinie żydowskiej. Był synem stolarza Szymona Jakuba Wojdowskiego i Edwardy z domu Bark. W czasie okupacji znalazł się w getcie warszawskim, skąd został uratowany w 1942 r. dzięki Irenie Sendlerowej. Ukrywał się w Warszawie i w Ołtarzewie.
Po wojnie uczył się w szkole rolniczej, w gimnazjum elektromechanicznym i w gimnazjum Robotniczego Towarzystwa Przyjaciół Dzieci. Maturę zdał w Warszawie. W latach 1949–1954 studiował polonistykę na Uniwersytecie Warszawskim. Pracował jako goniec w drukarni, a następnie reporter, najpierw w tygodniku „Wieś”, później w „Przeglądzie Kulturalnym”. Jako prozaik debiutował w „Twórczości” w 1956 r.
W latach 1960–1964 był kierownikiem działu teatralno-filmowego tygodnika „Współczesność”, a od roku 1970 do 1974 pracował w redakcji żydowskiego tygodnika „Fołks-Sztyme”. W 1991 r. zainicjował wydanie czasopisma „Masada”, poświęconego tożsamości żydowskiej i pamięci o Zagładzie (ukazał się jeden numer). Opublikował sześć tomów opowiadań oraz zbiory szkiców: Próbę bez kostiumu. (1966) i Mit Szigalewa (1982).
W 1965 r. związał się z Marią Iwaszkiewicz. Przez 11 lat mieszkał z nią w Podkowie Leśnej w kilku różnych miejscach, między innymi przy ul. Brzozowej i ul. Akacjowej. W 1973 r. wzięli ślub, co Jarosław Iwaszkiewicz, ojciec Marii, skomentował: „Ach, jak to dobrze, że on się z tobą ożeni. Byłem pewien, że się rozmyśli”.
W 1980 r. ukazał się Maniuś Bany, tom opowiadań Wojdowskiego, osadzonych w realiach podkowiańskich. Zawiera on swego rodzaju reportaż z Autosacrum i opowiadania, których bohaterami są między innymi wozacy, dostarczający mieszkańcom węgiel ze składu przy ul. Dzierżyńskiego. W skrócie tak ujął wizję Wojdowskiego Piotr Lachmann, autor nakręconego w 2008 r. wideoeseju PoLe Widzenia…: „Kulminacją snu pijanego wozaka z Podkowy Maniusia Banego, tytułowego bohatera opowiadania Bogdana Wojdowskiego, jest przekroczenie, można powiedzieć «klasowe». Oto Maniuś Bany zawadiacko zajeżdża ze swoją Zochą już nie furą z węglem, a elegancką bryczką, «lśniącym cackiem», pod kościół w trakcie ceremonii Autosacrum, a ksiądz proboszcz, ignorując zastrzeżenia wikarego do tego powozu, decyduje – jak to we śnie – «Niech tam, poświęć i ten wóz, Alojzy!»”.
Premiera filmu odbyła się 26 grudnia 2010 r. w Podkowie, w domu przy ul. Żeromskiego.
Współpracująca przy realizacji Elwira Kozłowska pisała: „Odkrycie autora Chleba rzuconego umarłym i opowiadań o Podkowie nastąpiło w moim przypadku raczej późno, ale mogę powiedzieć, że znam Bogdana Wojdowskiego, odkąd tu mieszkam: za pośrednictwem opisanego przez pisarza zduna Szczepana, sąsiada sypiającego w rowach pospołu z Czereśniakiem, wozakiem, zbierającym również śmieci i co podleci na swój wóz, podjeżdżający na zamówienie lub bez specjalnej okazji także i do naszego rodzinnego ogrodu – na pomidorową zakąskę prosto z krzaka, na pogawędki z dziadkiem, na piosenki i opowieści, im bardziej pogmatwane, tym lepsze. Czasami w zastępstwie wysyłał swojego konia z pustym wozem, a ten szwendał się jak pies z urwanym łańcuchem wzdłuż naszego ogrodzenia, skubiąc mlecze i koniczynę. Na swój kościsty zad dostawał od ludzi suchy chleb, marchew lub cukier, a zdarzało się, że i baty, i leciał dalej. W poszukiwaniu swego pana przemierzał nieraz kilka razy w ciągu doby tę samą trasę: do «Bachusa», przez mięsny, opisywany w filmie przez panią Marię Iwaszkiewicz, do karczmy «Rodos», z której, mijając cmentarz, wpadał do budki z piwem nieopodal szewca i Bąkowej, potem do składu węgla i abarot, przez tory na aleję Lipową, do pawilonu, restauracji «Pod Sosną» i dalej, aż na Żółwin, przez sekretne skróty i tylko im znane kręte koleiny wprost pod nos wyrwanego ze snu wozaka Wojdowskiego z opowiadania Maniuś Bany. Dalej! Jazda!”.
Bogdan Wojdowski przez wiele lat cierpiał na depresję, popełnił samobójstwo 21 kwietnia 1994 r. Pochowany został na Cmentarzu Żydowskim w Warszawie.