Pochodził ze spolonizowanej rodziny żydowskiej, jego ojciec Józef walczył w powstaniu styczniowym, za co trafił na zesłanie. Benedykt urodził się 7 czerwca 1872 r. w Warszawie. Uczęszczał do szkoły Hermana Benniego, gdzie wbrew zakazom wykładano po polsku i gdzie uczył Adolf Dygasiński, któremu zawdzięczał zainteresowanie przyrodą. Naukę przerwał po śmierci ojca (1890), podjął wtedy pracę w banku, by pomóc matce w utrzymaniu gromadki dzieci. W 1894 r. za udział w manifestacji patriotycznej w stulecie insurekcji kościuszkowskiej został aresztowany.
Po latach rozpoczął studia na wydziale filozoficznym uniwersytetu w Zurychu. w Szwajcarii poznał Stefanię Goldberg, która studiowała tam medycynę (na terenie Rosji kobiety nie były dopuszczane do zawodu lekarza). Pobrali się w 1899 r. Benedykt kształcił się także w Paryżu w École Libre des Sciences Politiques, utrzymując się z korespondencji dla lewicowej prasy krajowej. Występował dorywczo w paryskich kabaretach.
W 1905 r. wrócił do Warszawy, gdzie został sekretarzem redakcji tygodnika „Głos”, pisma radykalnej inteligencji. Po likwidacji pisma wyjechał do Krakowa, a następnie do Wilna, gdzie pracował w związanych z ruchem socjalistycznym „Kurierze Litewskim” i „Przeglądzie Wileńskim”. Stefania podjęła pracę w szpitalu w Wilnie i omal nie przepłaciła życiem walki z epidemią tyfusu. Dom, w którym mieszkali w Wilnie, nazwali od imienia córki „Magdusinkiem”. Był miejscem spotkań artystycznej grupy związanej z teatrem, w którym Benedykt spełniał się jako aktor i reżyser.
W młodości uwielbiał bajki La Fontaine’a, z czasem właśnie satyry i bajki stały się jego ulubioną formą literacką; pierwszy zbiór opublikował w 1911 r. Po zakończeniu wielkiej wojny wrócił do Warszawy i do dziennikarstwa, ale też współpracował z warszawskimi kabaretami (m.in. Qui Pro Quo) jako autor tekstów – często były to ostre satyry polityczne – i wykonawca. Jego Szopka warszawska spotkała się przychylną recenzją samego Tadeusza Boya-Żeleńskiego.
Interesował go teatr dla dzieci. „Zaczął pisać sztuki łatwe do wystawienia […]. W każdej z nich była rola dla niego samego. Grywał różnych królów migdałowych, dziadków i misie. Był w tym teatrze aktorem farsowym. Lubił szeroki śmiech, groteskę” – wspominała córka, Magdalena Arska. „Kiedy stawał na estradzie, wybierał oczami wśród publiczności w ostatnim rzędzie najbardziej nieśmiałego chłopczyka czy dziewczynkę i do nich mówił. Dzięki temu wszystkie dzieci doskonale go słyszały”. Przed wojną ukazało się jego osiem książek dla dzieci, w tym autobiograficzna Ze wspomnień samowara; wśród licznych sztuk teatralnych dla najmłodszych szczególną popularność zdobyły Trzewiki szczęścia. Jego Czupurek został wystawiony przez Juliusza Osterwę w Reducie i przez Maxa Reinhardta w Berlinie.
W latach 1926–1937 pracował w Polskim Radio jako felietonista, autor słuchowisk i recytator, współautor z Wandą Tatarkiewicz-Małkowską radiowego teatru dla dzieci (współtworzyli też teatr objazdowy). Pracę tę stracił za sanacji, którą jako zwolennik Józefa Piłsudskiego był mocno rozczarowany. Ideowo i towarzysko związał się ze środowiskiem PPS-u, bajki i satyry drukował m.in. w „Robotniku”.
„Ojciec zawsze wcześnie wstawał. Wszyscy jeszcze spali, kiedy ojciec zaczynał pracować w ogrodzie, ale kiedy mu się znudziło, zawsze jakieś narzędzie upadało z hukiem i to był znak, że trzeba wstawać na śniadanie” – opowiadała po latach córka. Ich ogród i dom były też miejscem spotkań familijnych i grona przyjaciół. W Podkowie Leśnej mieszkali także inni członkowie rodziny Benedykta: socjolog i historyk Aleksander Hertz, aktor i dyrektor teatrów Henryk Hertz-Barwiński, siostra Benedykta, Janina i siostrzeniec Jan Garewicz.
W 1941 r. do ich domu niemieccy żołnierze wnieśli swoich rannych, a potem go zajęli. Opuścili dom, nie dokonując zniszczeń. Hertzowie ukrywali się, tułając i pomieszkując w różnych miejscach, przygarnęła ich właścicielka „Borowina” Janina Niemyska, oddając im swoje warszawskie mieszkanie i tym samym ocalając im życie. Stefania brała udział w powstaniu jako lekarz, została ciężko ranna.
Po 1945 r. Stefania i Benedykt wrócili do Podkowy i po pewnym czasie odzyskali swój dom, zajęty przez lokatorów. Benedykt podjął współpracę z „Kurierem Codziennym”, pisał nadal bajki i tworzył antologię bajki polskiej, która wyszła po jego śmierci. Przełożył także Bajki Iwana Kryłowa. „Dziadek do końca życia mieszkał tutaj i zmarł w tym pokoju (na piętrze od strony ogrodu). Skończył pisać, postawił ostatnią kropkę na tekście Antologii bajki polskiej, położył się do łóżka i już nie wstał. Zmarł tej samej nocy” – wspominała wnuczka Krystyna Arska-Perepłyś. Był 31 października 1952 r. Benedykt Hertz spoczął w Alei Zasłużonych na Powązkach Wojskowych. Za swoją działalność został odznaczony m.in. Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.